Alla fine del Duecento , la cattedrale, ancora priva del portico, ebbe dunque caratteristiche analoghe alle odierne, se si esclude la zona presbiteriale profondamente modificata in età moderna. I lavori proseguirono poi durante i secoli XIV e XV, quando si provvide alla costruzione e alla decorazione del portico di facciata e alla copertura voltata delle navate laterali. Con la fine del Cinquecento la cattedrale fu ancora una volta oggetto di importanti lavori di restauro: vennero modificate le cappelle poste in testa alle navatelle laterali e l'architetto pistoiese Jacopo Lafri demolì l'antico coro mediovale per innalzare la tribuna la fine da lui stesso progettata. L'imponente volume presbiteriale, decorato dai migliori artisti fiorentini dell'epoca, modificò radicalmente lo spazio interno della chiesa dilatandone le superfici e sollevando il problema del raccordo con il corpo delle navate delle quali la centrale venne voltata in modo da consentire un migliore rapporto tra i due volumi.

At the end of the 1200s the cathedral, still with no portico, had similar characteristics to the ones seen today, with the exception of the area around the presbytery that underwent great changes in the modem era. Work continued through the fourteenth and fifteenth centuries with the building and decoration of the façade portico and the vaulted ceilings of the side naves. At the end of the 1500s the cathedral was once more at the center of important restoration work: the chapels at the head of the side naves were modified; the Pistoian architect Jacopo Lafri demolished the old medieval choir to raise the apse that he himself had designed. The imposing volume of the presbytery, decorated by the best Florentine artists of the age, radically altered the indoor spaces of the church; the widening of the surface area raised the problem of how to join the space to the body of the naves and it was decided to vault the central one so as to allow a better relationship between the two volumes.